Okrem činností pre správy povodí, Závod Dunaj zabezpečuje činnosti, spojené so správou Dunaja na celom jeho úseku, s výnimkou starého koryta Dunaja a výkon stavebno-montážnej činnosti na celom území odštepného závodu Bratislava, spolupracuje na vykonávaní stavebno-montážnych prác v celom podniku v požadovanom rozsahu, vykonáva práce pre ostatné odštepné závody podniku a aj pre cudzích odberateľov.
Závod Dunaj zabezpečuje najmä:
- investičné stavby pre vlastný odštepný závod a podnik;
- realizáciu opráv a údržby hmotného majetku vrátane vykonávacích projektov a potrebných zememeračských prác s nimi súvisiacich,
- dodávky špeciálnych prác vrátane potápačských prác a odstraňovania plavebných prekážok,
- stavebné práce a dodávky štrkopieskov a kameniva pre jednotlivé správy povodí, závod Gabčíkovo a pre cudzích odberateľov;
- úlohy, vyplývajúce z medzištátnych zmlúv o riešení vodohospodárskych otázok na Dunaji, uzavretých medzi Slovenskou republikou a Maďarskou republikou a Rakúskou spolkovou republikou;
- opravy plavidiel a plávajúcich mechanizmov v centrálnych dielňach;
- vytyčovanie plavebnej dráhy na celom spravovanom úseku Dunaja rkm 1880,2-1708,2 vrátane objektov VD Gabčíkovo;
- opravy plavidiel, plávajúcich a pozemných mechanizmov;
- údržbu plavebnej dráhy na spravovanom úseku Dunaja realizovaním prác na usmerňovacích stavbách v koryte Dunaja vrátane regulačného a úpravného bagrovania;
- zabezpečovacie práce počas povodňovej aktivity, resp. súbor činnosti na ich zabezpečenie pre iné správy povodí a závod Vodné dielo Gabčíkovo;
- činnosti spojené s ľadovým režimom na Dunaji.
Územná pôsobnosť Závodu Dunaj:
- celé koryto Dunaja od ústia Moravy do Dunaja v r.km 1880,2 až po ústie Ipľa do Dunaja v r.km 1708,2, s výnimkou starého koryta Dunaja v úseku r.km 1852,0 – 1811,0;
- celé inundačné územie na ľavej strane Dunaja na úseku štátnej hranice s Rakúskou republikou;
- celé inundačné územie na Slovenskom úseku Dunaja vrátane prístavných bazénov prístavu Bratislava;
- celá ľavostranná inundácia od r.km 1811 až po ústie rieky Ipeľ do Dunaja v r.km 1708,2 vrátane prístavného bazénu Komárno;
- dolný úsek rieky Váh od sútoku Malého Dunaja v Kolárove po sútok s Dunajom v Komárne vrátane obojstrannej inundácie.