Do územnej pôsobnosti Odštepného závodu Banská Bystrica patrí čiastkové povodie Hrona, čiastkové povodie Ipľa, okrem záustných častí základných povodí Hrona od obce Kamenný most po ústie Dunaja a Ipeľ od obce Leľa po ústie do Dunaja, spadajúcich do územnej pôsobnosti odštepného závodu Bratislava a čiastkové povodie Slanej.

Územná pôsobnosť OZ je vymedzená rozvodnicami čiastkových povodí Hrona, Ipľa a Slanej. Ďalej je územná pôsobnosť OZ BB ohraničená rozvodnicou medzi čiastkovými povodiami Váhu a Hrona. Na juhozápade hranicu tvorí vodný tok Paríž, ktorého povodie patrí do územnej pôsobnosti OZ Bratislava, po ústie do Hrona a od obce Malá nad Hronom hranica územnej pôsobnosti OZ Banská Bystrica smeruje na kótu 289 m n. m., kde v povodí Ipľa pokračuje smerom k obci Leľa k miestu napojenia pravobrežnej ochrannej hrádze Ipľa do vysokého terénu a k štátnej hranici s Maďarskou republikou. Štátna hranica s Maďarskou republikou, ktorá tvorí južnú hranicu čiastkového povodia Ipľa a čiastkového povodia Slanej, je zároveň južnou hranicou územia v pôsobnosti OZ BB až po rozvodnicu čiastkových povodí Slanej a Bodvy. Po rozvodnici čiastkových povodí Slanej a Bodvy pokračuje hranica územnej pôsobnosti  odštepného závodu rozvodnicou medzi povodiami Slanej a Hnilca tak, že povodie Dobšinského potoka je v územnej pôsobnosti odštepného závodu Košice, k severnej  hranici územnej pôsobnosti Odštepného závodu Banská Bystrica, k rozvodnici čiastkových povodí Hrona a Hornádu a čiastkových povodí Hrona a Váhu.