Do územnej pôsobnosti Odštepného závodu Bratislava patrí podľa hydrologickej klasifikácie Slovenskej republiky čiastkové povodie Moravy, a čiastkové povodie Dunaja. Do územnej pôsobnosti tohto OZ patrí aj južná časť čiastkového povodia Váhu, jeho základné povodie Malý Dunaj po Čiernu vodu, časť  základného povodia Malý Dunaj od Čiernej vody po ústie a časť základného povodia Váh od malého Dunaja po ústie do Dunaja, vrátane Starej Nitry a Starej Žitavy i časť čiastkového povodia Hrona a časť čiastkového povodia Ipľa, záustne časti základných povodí Hron od zaústenia vodného toku Paríž po ústie do Dunaja a Ipeľ od obce Leľa po ústie do Dunaja.

Územná pôsobnosť Odštepného závodu Bratislava je vymedzená v južnej časti hranicou, ktorá sa začína pod obcou Salka v mieste napojenia pravobrežnej ochrannej hrádze Ipľa do vysokého terénu v katastrálnom území obce Leľa, pokračuje južným smerom po štátnej hranici s Maďarskou republikou prechádzajúcou po rieke Ipeľ až po sútok s Dunajom, ďalej po štátnej hranici s Maďarskou republikou predstavujúcou rieku Dunaj až po rkm 1852,3, odtiaľ  po hraničný prechod do Maďarskej republiky Rusovce, ďalej po hraničný prechod Berg do Rakúskej republiky, ďalej po ochrannej hrádzi Petržalka – Wolfsthal až po rkm 1773,6 Dunaja až po sútok s Moravou, ďalej po rieke Morave predstavujúcej štátnu hranicu s Rakúskou republikou až po ústie rieky Dyje do rieky Moravy, odtiaľ po hranici s Českou republikou po začiatok rozvodnice medzi riekami Morava a Váh (Veľká Javorina), po tejto rozvodnici na juh po kótu 752 Čertov kopec v Malých Karpatoch, odtiaľ po rozvodnici medzi povodím  potokov Gidra a Stoličný potok až po sútok Dudváhu a Čiernej vody. Od sútoku pokračuje 10 m od ľavostrannej  hrádze Čiernej vody a 10 m od ľavostranného kanála pozdĺž preložky Čiernej vody až po odberný objekt do Suchého odpadu. Ďalej hranica pokračuje 10 m od ľavostrannej  brehovej čiary Suchého a Lúčneho odpadu až po Malý Dunaj. Potom po Malom Dunaji po sútok s Váhom v mieste zaústenia novovybudovanej  preložky Malého Dunaja do Váhu v km 25,0, pričom koryto a pravostranná  hrádza Malého Dunaja patria do správy odštepného závodu Bratislava. Od sútoku Malého Dunaja a Váhu pokračuje hranica na sever po rieke Váh až po zaústenie preložky rieky Nitry pri Komoči, pričom ľavostranná hrádza Váhu s 10 pásom od návodnej päty hrádze patrí do správy odštepného závodu Bratislava. Hranica pokračuje pozdĺž ľavostrannej  hrádze preložky rieky Nitry (10 m od päty vzdušnej  strany hrádze) až po  juhozápadný okraj intravilánu mesta Nové Zámky a sleduje ďalej hranicu medzi okresmi Nové Zámky a Komárno až po štátnu cestu Dvory nad Žitavou – Bohatá, po ktorej pokračuje až po južný okraj intravilánu obce Dvory nad Žitavou a smerom na kótu 410 m. n. m. (Turecký násyp), kde sa spojí s rozvodnicou medzi potokmi Danóc a Paríž. Po severnej rozvodnici vodného toku Paríž pokračuje po obec Malá nad Hronom a odtiaľ na severovýchod cez kótu 289 m. n. m, kde v povodí Ipľa pokračuje smerom k obci Leľa k miestu napojenia pravobrežnej ochrannej hrádze Ipľa do vysokého terénu a k štátnej hranici s Maďarskou republikou.