Do územnej pôsobnosti OZ Košice patrí čiastkové povodie Bodrogu, čiastkové povodie Hornádu, čiastkové povodie Bodvy a čiastkové povodie Dunaja a Popradu.

Územná pôsobnosť odštepného závodu je vymedzená na severe  štátnou hranicou s Poľskou republikou, z východu hranicou s Ukrajinou a z juhu štátnou hranicou s Maďarskou republikou. Na západe hranicu územnej pôsobnosti Odštepného závodu Košice tvorí rozvodnica medzi čiastkovým povodím Slanej a čiastkovým povodím Bodvy, pokračuje po rozvodnici vodných tokov Slaná a Hnilec, ďalej po rozvodnici povodí vodných tokov Slaná a Dobšinský potok, ktoré podľa hydrologickej  klasifikácie územia Slovenskej republiky patrí do čiastkového povodia Slanej a je súčasťou územnej pôsobnosti Odštepného závodu Košice, ďalej po rozvodnici čiastkových povodí Hornádu a Hrona až na vrch Kráľova hoľa v Nízkych Tatrách. Z Kráľovej hole pokračuje hranica územnej pôsobnosti OZ KE na sever  po rozvodnici povodí vodných tokov Čierny Váh a Hornád a po rozvodnici povodí  Bieleho Váhu a vodného toku Poprad končí na štátnej hranici s Poľskou republikou, ktorá tvorí severnú hranicu územnej pôsobnosti odštepného závodu Košice.